Он родился на крайнем севере, в селе Суре, Пинежского уезда, Архангельской губернии 19 октября 1829 года. Его отец Илья Сергиев был бедный псаломщик из этого села, в деревянной церкви которого даже священные сосуды были оловянные. Но это были люди очень набожные и благочестивые.

У бедняков родился слабенький ребенок, которого поспешили окрестить, чтобы он не умер без Святого Крещения. Ребенок быстро окреп. По дороге в школу он постоянно останавливался и молился перед старинной церковью во имя Святителя Николая Чудотворца, построенной еще в XVII веке.

Когда мальчику было шесть лет, он увидел в горнице ангела и очень смутился, но небожитель сказал ему, что он его Ангел Хранитель, который будет хранить его на протяжении всей жизни.

Мальчик Ваня постоянно ходил с отцом в церковь и полюбил церковные службы и богослужебные книги и сделался набожным и благочестивым. Он был послушен и старался во всем поступать согласно с волей Божьей.

Отец Иоанн, впоследствии уже прославленный, неоднократно говорил, что все свое благочестие он почерпнул из чтения богослужебных книг.

Весьма характерно, что односельчане отца Иоанна еще в мальчике Ване прозрели великого молитвенника и в бедах и нуждах своих всегда просили его помолиться за них.

Когда пришло время учиться, родители собрали последние деньги и определили мальчика Ваню в Архангельское Приходское Училище.

Обучение давалось ему туго: он плохо понимал и запоминал.

Мать отца Иоанна

Это обстоятельство чрезвычайно огорчало и смущало доброго мальчика, он осознавал, как трудно дается родителям его обучение.

Он думал о родном доме, о тамошней нищете и в это время научился с особенной болью чувствовать чужую нужду, болеть о чужой бедности. Он больше всего грезил о том, что когда вырастет, то выведет отца и мать из нужды.

Школьная мудрость оказалась для него еще труднее начального обучения. Учителя мало заботились о том, чтобы помогать ученикам. Он старался и все-таки не успевал. Поэтому, движимый пламенной верой, он однажды, ложась спать, особенно горячо помолился Богу, прося просветить его ум.

Молитва кроткого и смиренного мальчика была услышана. Вот что пишет об этом сам отец Иоанн:

«…Ночью я любил вставать на молитву. Все спят, тихо. Не страшно молиться, и молился я чаще всего о том, чтобы Бог дал мне свет разума на утешение родителям. И вот, как сейчас помню, однажды был уже вечер, все улеглись спать. Не спалось только мне, я по-прежнему ничего не мог уразуметь из пройденного, по-прежнему плохо читал, не понимал и не запоминал ничего из рассказанного. Такая тоска на меня напала: я упал на колени и принялся горячо молиться. Не знаю, долго ли я пробыл в таком положении, но вдруг точно потрясло меня всего. У меня точно завеса спала с глаз, как будто раскрылся ум в голове и мне ясно представился учитель, его урок. Я вспомнил даже, что он говорил. И так легко, радостно стало на душе. Никогда не спал я так спокойно, как в ту ночь.

Чуть рассвело, я вскочил с постели, схватил книги и, о счастье, читаю гораздо легче, понимаю все, а то, что прочитал, не только все понял, но хоть сейчас рассказать могу. В классе мне сиделось уже не так, как раньше: все понимал, все оставалось в памяти.

Юный о. Иоанн молится Богу по дороге в школу. 1900-е гг. Рис. Сергея Животовского

Дал учитель задачу по арифметике — решил, и учитель похвалил меня даже. Словом, в короткое время я подвинулся настолько, что перестал уже быть последним учеником. Чем дальше, тем лучше и лучше успевал я в науках и в конце курса одним из первых был переведен в семинарию».

Религиозный настрой нисколько не ослабел у Вани за годы учебы: впечатления, вынесенные из семьи, были слишком сильны.

«Знаешь ли, — сказал отец Иоанн в беседе с игуменией Таисией, — что, прежде всего, положило начало моему обращению к Богу и еще в детстве согрело мое сердце любовью к Нему? Это святое Евангелие. У родителя моего было Евангелие на славянскорусском языке. Любил я читать эту чудную книгу, когда приезжал домой на каникулы, и слог ее и простота речи были доступны моему детскому разуму. Читал и наслаждался ею и находил в этом чтении высокое и незаменимое утешение. Это Евангелие было со мной и в духовном училище. Могу сказать, что Евангелие было спутником моего детства, моим наставником, руководителем и утешителем, с которым я сроднился с ранних лет».