В 2001 году  Феодор Ушаков был причислен Русской Православной Церковью к лику местночтимых святых Саранской и Мордовской епархии, а в 2004 году — к лику общечтимых святых. Церковь причислила его к лику святых не за заслуги перед Отечеством. За военные заслуги дают военные награды. К лику святых причисляют только за святость. И сама канонизация есть свидетельство Церкви земной о том, что данный святой предстал перед престолом Божиим в Церкви Небесной и получил дерзновение молиться за весь мир.

Святость с духовной стороны — это благодать Святого Духа, а с нравственной стороны, т.е. то, благодаря чему человек получает эту благодать, святость — это любовь к Богу и ближним. Господь сказал, что любовь является смыслом всей духовной жизни, а апостол Павел сказал, что любовь есть совокупность совершенства. Все остальные добродетели являются лишь средством для этой главной цели. Одним из показателей любви к Богу является молитвенность и любовь к церковной службе. Когда Ушаков был начальником города Севастополь, то несмотря на свою занятость, он не пропускал ни одной службы ни утром, ни вечером, т.е. часов 5–6 в день он молился только в храме. А когда он во время Великого поста жил в Санаксарском монастыре, он выстаивал все службы, которые по тогдашнему уставу длились около 12 часов. Не имея искренней любви к Богу, человек такой образ жизни вести не сможет.

Но самым главным показателем любви к Богу является любовь к ближним. В те времена, когда дворянство и высшие слои общества были, как правило, чужды народу, Феодор Ушаков с такой искренне отеческой заботой относился к матросам, что они называли его «батюшкой Феодором». Русский посол в Турции писал о нем: «добрый наш Феодор Феодорович». Когда он жил в Алексеевке, к нему приходили за милостыней крестьяне даже с других областей, причём они знали, что батюшка Феодор поможет не только материально, но и духовно, утешит словом. Когда он почил, его, как мирянина, отпевали в Темникове и приготовили подводу, чтобы везти гроб с его телом в монастырь, но люди не захотели класть гроб на подводу, а на руках несли его до монастыря.

Но самым главным признаком любви к людям является любовь к врагам. Адмирал Ушаков явил пример исполнения этой заповеди. Во время сражения у о. Тендра корабль, на котором был Ушаков, подбил турецкий флагманский корабль. Тот загорелся. Турки выбежали на палубу, спустили флаг, подняли руки — они сдаются. И Ушаков приказал спустись все шлюпки со своего корабля, отправить к горящему турецкому и снять с него всех турок, кого смогут. Это при том, что ещё бой шёл, и противник превосходил по численности в два раза. Не имея искренней христианской любви к врагам, человек на такой подвиг не пойдёт.

Когда адмирал Ушаков одержал победу над французами, он не только спас жизнь пленным французам от турок, которые их убивали, но и сохранил им честь. Он оставил французским офицерам личное холодное оружие, из захваченной французской казны выдал пленным французам жалование, которое им полагалось за время войны, т.е. заплатил им зарплату за то время, которое они против него воевали, и отпустил их домой в свои семьи. В истории мировых войн больше никогда не было такого проявления христианского милосердия к врагам. Церковь причислила адмирала Ушакова к лику святых за его любовь к Богу и ближним. Он стал примером гармоничного сочетания христианской любви и исполнением служебного долга.

Кафедральный собор в честь Феодора Ушакова построен рядом с собором в честь апостола Иоанна Богослова. Для городов России это очень редкий случай, чтобы рядом были построены два храма. Но это тоже не случайно. Апостол Иоанн Богослов является символом любви к Богу и людям. Церковь называет его апостолом любви. То, что собор в честь адмирала Ушакова построен рядом с Иоанно-Богословским собором, указывает, что Феодор Ушаков был исполнителем заповеди о любви к Богу и ближним, символом которой является апостол Иоанн.